As obras de construção do mosteiro devotado a Nossa Senhora da Pena, sob orientação do arquiteto Boitaca, iniciaram-se em 1503 em cumprimento da vontade expressa de D. Manuel I, e deram-se por concluídas oito anos depois. Em 1513, a comunidade hieronimita instalada no novo convento contava já com 18 frades, mas, depois dos estragos provocados pelo terramoto de 1755, passou a albergar apenas cinco freis, número diminuto que se manteve até à extinção das ordens religiosas, em 1834, no âmbito da reforma geral eclesiástica de Joaquim António de Aguiar.
Do antigo mosteiro, preservado e integrado no Palácio Novo que D. Fernando II ali fez construir, destaca-se o claustro manuelino de dois andares, integralmente forrado com azulejos mudéjares. Do antigo cenóbio salienta-se a igreja e, sobretudo, o retábulo esculpido pelo grande escultor francês Nicolau de Chanterene e que constitui obra maior do nosso Renascimento. Este é de planta reta e contempla três eixos verticais divididos por colunas de fuste liso e capitéis jónicos; nos panos laterais ostenta dois andares separados por friso onde se patenteia corrida, na cimalha, uma inscrição latina. No andar superior estão representadas na edícula a Natividade; à esquerda, as microarquitecturas contêm respetivamente cenas da Anunciação e da Apresentação de Cristo no Templo; e, no lado oposto, a Fuga para o Egipto e a Adoração dos Reis Magos. Ao centro da tribuna central inferior patenteia-se a imagem de Cristo Morto sustido por três anjos sobre sarcófago. E na base dessa tribuna está presente o sacrário, em forma de templete de planta centralizada, envolvido por amplo arco de volta perfeita, encimado por dois anjos em vulto que sustêm cordão que abre em cortina. Na Epístola pode-se observar inscrição laudatória pelo nascimento do príncipe D. Manuel, datada de 1532.
Construction work began on the monastery devoted to Nossa Senhora da Pena under the supervision of the architect Boitaca, in 1503, in fulfilment of the express will of King Manuel I and was completed eight years later. In 1513, the Hieronymite community which had been established in the new convent already housed 18 friars. This number was, however, reduced to no more than five following the damage caused by the earthquake of 1755. This small community remained until religious orders were abolished in 1834, under the general ecclesiastical reform of Joaquim António de Aguiar.
The old monastery, preserved as part of the New Palace commissioned by Fernando II (Ferdinand II − a German prince of the House of Saxe-Coburg and Gotha-Koháry), particularly includes a two-storey Manueline cloister fully lined with mudéjar tiles. Special reference should be made, in the case of the old cenobium, to the church and particularly its retable which was carved by the great French sculptor Nicolau de Chanterene and which is considered to be one of the greatest Renaissance works in Portugal. Its straight design comprises three vertical axes divided by smooth columns and Ionic capitals. Its sides have two separate floors separated by a frieze surmounted by a Latin inscription. The aedicule on the upper floor depicts the Nativity. The microarchitectures to the left contain scenes from the Annunciation and Christ’s Appearance in the Temple respectively and on the opposite side, the Flight into Egypt and the Adoration of the Magi. The centre of the lower central tribune displays an image of the Dead Christ held aloft over a sarcophagus by three angels. At the base of this tribune stands the tabernacle, with a temple-like centralised design encircled by an expansive full arch, surmounted by two large angels holding a cord that opens a curtain. The Epistle displays a laudatory inscription referring to the birth of Prince Manuel, dated 1532.